Eine Haartransplantation wird in der Regel ambulant durchgeführt. Das zur Betäubung der Kopfhaut verwendete Lokalanästhetikum kann zu allergischen Reaktionen führen. Auch ist die Wirkfähigkeit unter bestimmten Voraussetzungen herabgesetzt, so dass unter Umständen die Dosis erhöht werden muss.

Jede Manipulation am Körper, egal ob groß oder klein, stellt eine mögliche Eintrittspforte für Keime und Bakterien dar. So kann es zu Entzündungen mit Schwellungen und Rötungen kommen. In einigen Fällen bildet sich Eiter, auch Fieber ist möglich. Einblutungen ins Gewebe sind als Hämatom (blauer Fleck) sichtbar.

Nicht immer wird das transplantierte Gewebe vom Körper angenommen. Auch nicht, wenn es von einem selbst stammt. Bei einer Abstoßungsreaktion wächst das Hautareal nicht an, stirbt unter Umständen ab und muss wieder entfernt werden. Die Reaktion kann auch darin bestehen, dass die Wurzeln zugrunde gehen, und die Stelle weiterhin kahl bleibt.

Das Schock-Loss-Phänomen führt durch die Manipulation an den Haarwurzeln zu einem ungewollten Haarausfall, der sich zum Teil auch auf das umliegende, nicht transplantierte Gewebe ausdehnt. In einem solchen Fall gilt, wie bei einer Abstoßungsreaktion, der Eingriff als misslungen.